Selepas memasuki akademi bola sepak RFC de Liège dan kemudian Standard Liège, Bakkali berpindah ke PSV Eindhoven di Belanda pada usia 12 tahun. Ketika musim 2012-13, Bakkali bermain untuk Jong PSV. Beliau ke skuad senior PSV pada musim 2013-14.

Pada 30 Julai 2013, Bakkali membuat penampilan pertama untuk PSV menentang Zulte Waregem pada perlawanan kelayakan Liga Juara-Juara. Beliau membuat penampilan pertama liga pula ketika menentang ADO Den Haag pada perlawanan pembukaan musim pada 3 Ogos

Pada 7 Ogos, beliau menjaringkan gol pertamanya untuk PSV pada perlawanan kedua kelayakan Liga Juara-Juara menentang Zulte Waregem, 3-0. Pada 10 Ogos, beliau menjaringkan hatrik untuk PSV ketika membelasah NEC Nijmegen, 5-0. Keputusan itu membuatkan beliau pemain termuda menjaringkan hatrik pada sejarah Eredivisie.

Pada musim panas 2014, Bakkali bersedia untuk berpindah ke Atletico Madrid pada bayaran sekitar €2-3 juta tetapi gagal. Selepas gagal, beliau telah menarik minat dari beberapa kelab Liga Perdana Inggeris. Selepas menolak tawaran baru kontrak dari PSV, beliau ingin dijual oleh PSV pada pemindahan musim sejuk.